Академія Ніндзя (忍者 学校 (忍者 アカデミー, "Ninja академії»), «Ninja Гакко") - школа, в якій діти, які поставили собі за мету стати Ніндзя, навчаються в основах Нін-, Тай-і Гендзюцу, які потрібно застосовувати в практичних і теоретичних тестах, що б здати. Техніки, яким навчають в академії найчастіше рівня Є.
Багато учнів академії навчаються технікам від їх рідних або приватних вчителів чи ж вивчають самі, як на приклад Узумакі Наруто, який самостійно вивчив Каге Буншін але Дзюцу.
Зазвичай в академію надходять приблизно в дев'ять років. Особливо талановиті діти надходять раніше і отже закінчують академію раніше ніж інші. Що б стати справжнім Ніндзя учні кожного разу повинні були пройти різні тести.
Найчастіше вчителі академії Чунін з особливими здібностями. Іспити так само проводяться вчителями, які вирішують здав учень іспит або ж провалив. Крім того, по видимому, вчитель сам вирішує де і коли він підтвердить, що учень закінчив академію. Приклад цьому - Наруто, який після провалу на іспиті, рятує Іруку від Мізукі, після чого Ірука присуджує йому звання Геніна.
Так само може трапитися що учень провалює іспит, однак це ніяк не відбивається на можливий наступний навчальний рік, так як іспит можна повторити. Наприклад, Наруто провалював іспит три рази. 